[讨论]蛋白质的HSQC

longytu

大家好，我是学生物的，对核磁了解甚少，向大家请教一些问题。。。。。

现在得到了，N15标记的蛋白质，想做一下H-N HSQC，但是一些具体的参数，程序不是很清楚；

1.蛋白的纯度要求多少，蛋白的浓度要求多少；

2.我现在联系到一台BRUKER的500MHZ的仪器，但是那位老师不会做蛋白的NMR，请教大家，蛋白样品需不需要压水峰，需要哪一个具体的程序；

3.做蛋白的HSQC，相应的采取哪个标准程序？

+ G$ c/ L# ^4 C o q( L

4.蛋白与化合物结合后的图谱，应该采用哪个分析软件？sparky软件是免费的吗？

 

hzmilk

蛋白质的 NMR没做过，帮顶

submarine

  % M! G; S7 m+ D- ]# d; Z: {

1. 蛋白质的纯度(若指的是标记13C及15N当然越高越好, 至少超过 90 %,

2.作蛋白质用500MHz (Hz 是频率单位H要大写, z要小写), 场不够大, 很辛苦的, 除非有 cryoprobe, 蛋白质若用90%H2O+10%D2O, 就需要压水峰

6 m. s2 u% [& ^% w

3. 做蛋白质的HSQC，一样先找90 Pulse width

% f+ m: Q6 s$ ^% s) {

4. 蛋白与化合物结合后的图谱，应该采用哪个分析软件, ---  (关注中!)  sparky软件是免费的吗？(也想知道!!)

4 e. k/ S' ~0 @7 h" }! R8 `* b# n

 

[此贴子已经被作者于2010-6-30 23:52:01编辑过]

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amtblcd

 

大家好，我是学生物的，对核磁了解甚少，向大家请教一些问题。。。。。

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现在得到了，N15标记的蛋白质，想做一下H-N HSQC，但是一些具体的参数，程序不是很清楚；

1.蛋白的纯度要求多少，蛋白的浓度要求多少；

纯度与浓度取决于打算做什么实验？

2.我现在联系到一台BRUKER的500MHZ的仪器，但是那位老师不会做蛋白的NMR，请教大家，蛋白样品需不需要压水峰，需要哪一个具体的 + t, O. u( L9 |* {3 O8 n) o程序；

N15标记的样品只能在水里作，如果作一维谱必须压水峰，两维谱的脉冲里已经有压水峰的脉冲，不需考虑

3.做蛋白的HSQC，相应的采取哪个标准程序？

BRUKER的脉冲序列里有现成作蛋白质的脉冲序列

4.蛋白与化合物结合后的图谱，应该采用哪个分析软件？sparky软件是免费的吗？

要氛析化合物还是蛋白质？

如果分析蛋白质，没有加化合物的谱图是怎么分析的，家了化合物的谱图就怎么分析

longytu

你好：向你问几个问题

1:sparky软件的使用，直接就能分析HSQC的图谱吗？需不需要格式的转换，用什么来进行格式的转换？

$ V o5 K' F: L; J* N/ Z

2.BMRB数据库中已经存在蛋白质的NMR数据，哪些数据或者什么数据可以直接的用SPARKY软件来进行图谱的显示？

E; ~4 h/ K5 Z% e$ z

急切希望高人的回答.....

amtblcd

1:sparky软件的使用，直接就能分析HSQC的图谱吗？需不需要格式的转换，用什么来进行格式的转换？

! j E5 C4 l& W

 

sparky 识别的格式为.ucsf，将fid处理之后转换成ucsf文件

命令为：

4 F) M% ^2 R( i

 bruk2ucsf vnmr2ucsf

 

8 D o$ R* M$ Y, u# v

2.BMRB数据库中已经存在蛋白质的NMR数据，哪些数据或者什么数据可以直接的用SPARKY软件来进行图谱的显示？

 

 BMRB 的格式是 star,可以将其转换为sparky的peak list 读进去