[讨论]蛋白质的HSQC

longytu

大家好，我是学生物的，对核磁了解甚少，向大家请教一些问题。。。。。

7 j$ H, ?1 @) s5 R* v5 A7 D

现在得到了，N15标记的蛋白质，想做一下H-N HSQC，但是一些具体的参数，程序不是很清楚；

1.蛋白的纯度要求多少，蛋白的浓度要求多少；

2.我现在联系到一台BRUKER的500MHZ的仪器，但是那位老师不会做蛋白的NMR，请教大家，蛋白样品需不需要压水峰，需要哪一个具体的程序；

3.做蛋白的HSQC，相应的采取哪个标准程序？

4.蛋白与化合物结合后的图谱，应该采用哪个分析软件？sparky软件是免费的吗？

 

hzmilk

蛋白质的 NMR没做过，帮顶

submarine

 

1. 蛋白质的纯度(若指的是标记13C及15N当然越高越好, 至少超过 90 %,

2.作蛋白质用500MHz (Hz 是频率单位H要大写, z要小写), 场不够大, 很辛苦的, 除非有 cryoprobe, 蛋白质若用90%H2O+10%D2O, 就需要压水峰

3 Y2 {0 B# M; L, g3 k

3. 做蛋白质的HSQC，一样先找90 Pulse width

7 {$ D# |! C4 `7 Z0 T

4. 蛋白与化合物结合后的图谱，应该采用哪个分析软件, ---  (关注中!)  sparky软件是免费的吗？(也想知道!!)

* x' \! R+ P+ m# P4 U" c7 l. F

 

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[此贴子已经被作者于2010-6-30 23:52:01编辑过]

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amtblcd

 

大家好，我是学生物的，对核磁了解甚少，向大家请教一些问题。。。。。

现在得到了，N15标记的蛋白质，想做一下H-N HSQC，但是一些具体的参数，程序不是很清楚；

% X, Y6 O* c$ r7 z* k! |7 X( O

1.蛋白的纯度要求多少，蛋白的浓度要求多少；

纯度与浓度取决于打算做什么实验？

9 P: ^- H7 D* i* ^) ^( C

2.我现在联系到一台BRUKER的500MHZ的仪器，但是那位老师不会做蛋白的NMR，请教大家，蛋白样品需不需要压水峰，需要哪一个具体的 程序；

N15标记的样品只能在水里作，如果作一维谱必须压水峰，两维谱的脉冲里已经有压水峰的脉冲，不需考虑

6 D; \- ~+ Q6 X. L- Q- Z

3.做蛋白的HSQC，相应的采取哪个标准程序？

BRUKER的脉冲序列里有现成作蛋白质的脉冲序列

4.蛋白与化合物结合后的图谱，应该采用哪个分析软件？sparky软件是免费的吗？

要氛析化合物还是蛋白质？

如果分析蛋白质，没有加化合物的谱图是怎么分析的，家了化合物的谱图就怎么分析

longytu

你好：向你问几个问题

1:sparky软件的使用，直接就能分析HSQC的图谱吗？需不需要格式的转换，用什么来进行格式的转换？

* Q8 d3 ]4 j) D* L* I1 b$ x

2.BMRB数据库中已经存在蛋白质的NMR数据，哪些数据或者什么数据可以直接的用SPARKY软件来进行图谱的显示？

急切希望高人的回答.....

amtblcd

1:sparky软件的使用，直接就能分析HSQC的图谱吗？需不需要格式的转换，用什么来进行格式的转换？

2 O& l5 R9 v2 t$ \; S+ r H- J

 

( Y# i% F0 Z. [: v

sparky 识别的格式为.ucsf，将fid处理之后转换成ucsf文件

6 g5 d5 n: U3 o

命令为：

 bruk2ucsf vnmr2ucsf

) k6 z1 X: Z! F$ b

 

( M+ Z7 F- Q/ O0 Q3 j: D

2.BMRB数据库中已经存在蛋白质的NMR数据，哪些数据或者什么数据可以直接的用SPARKY软件来进行图谱的显示？

 

 BMRB 的格式是 star,可以将其转换为sparky的peak list 读进去