[讨论]蛋白质的HSQC

longytu

大家好，我是学生物的，对核磁了解甚少，向大家请教一些问题。。。。。

1 k! |: S8 Y# c/ _: ?2 S8 i

现在得到了，N15标记的蛋白质，想做一下H-N HSQC，但是一些具体的参数，程序不是很清楚；

& C9 M8 D2 V: p( I7 U3 I: G

1.蛋白的纯度要求多少，蛋白的浓度要求多少；

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2.我现在联系到一台BRUKER的500MHZ的仪器，但是那位老师不会做蛋白的NMR，请教大家，蛋白样品需不需要压水峰，需要哪一个具体的程序；

3.做蛋白的HSQC，相应的采取哪个标准程序？

4.蛋白与化合物结合后的图谱，应该采用哪个分析软件？sparky软件是免费的吗？

 

hzmilk

蛋白质的 NMR没做过，帮顶

submarine

  4 ~$ i" ?4 C; s! G% Y5 l

1. 蛋白质的纯度(若指的是标记13C及15N当然越高越好, 至少超过 90 %,

2.作蛋白质用500MHz (Hz 是频率单位H要大写, z要小写), 场不够大, 很辛苦的, 除非有 cryoprobe, 蛋白质若用90%H2O+10%D2O, 就需要压水峰

3. 做蛋白质的HSQC，一样先找90 Pulse width

4. 蛋白与化合物结合后的图谱，应该采用哪个分析软件, ---  (关注中!)  sparky软件是免费的吗？(也想知道!!)

 

[此贴子已经被作者于2010-6-30 23:52:01编辑过]

amtblcd

 

大家好，我是学生物的，对核磁了解甚少，向大家请教一些问题。。。。。

2 t! D, X- c# e* N3 K

现在得到了，N15标记的蛋白质，想做一下H-N HSQC，但是一些具体的参数，程序不是很清楚；

% u; z0 }/ y9 k+ Z

1.蛋白的纯度要求多少，蛋白的浓度要求多少；

纯度与浓度取决于打算做什么实验？

2.我现在联系到一台BRUKER的500MHZ的仪器，但是那位老师不会做蛋白的NMR，请教大家，蛋白样品需不需要压水峰，需要哪一个具体的 程序；

N15标记的样品只能在水里作，如果作一维谱必须压水峰，两维谱的脉冲里已经有压水峰的脉冲，不需考虑

2 ^' w4 e- N' ?

3.做蛋白的HSQC，相应的采取哪个标准程序？

BRUKER的脉冲序列里有现成作蛋白质的脉冲序列

4 W8 ~0 x4 `% Y2 m4 e3 D6 Y3 \- R: a

4.蛋白与化合物结合后的图谱，应该采用哪个分析软件？sparky软件是免费的吗？

要氛析化合物还是蛋白质？

如果分析蛋白质，没有加化合物的谱图是怎么分析的，家了化合物的谱图就怎么分析

longytu

你好：向你问几个问题

. ~) i1 e) X/ U; l2 }

1:sparky软件的使用，直接就能分析HSQC的图谱吗？需不需要格式的转换，用什么来进行格式的转换？

. y1 h2 e* w% s7 B( j: A, O

2.BMRB数据库中已经存在蛋白质的NMR数据，哪些数据或者什么数据可以直接的用SPARKY软件来进行图谱的显示？

( f0 i1 A; Q% l& I

急切希望高人的回答.....

amtblcd

1:sparky软件的使用，直接就能分析HSQC的图谱吗？需不需要格式的转换，用什么来进行格式的转换？

 

' Y- p( S5 F2 h

sparky 识别的格式为.ucsf，将fid处理之后转换成ucsf文件

命令为：

1 E8 R2 B% w' p

 bruk2ucsf vnmr2ucsf

 

2.BMRB数据库中已经存在蛋白质的NMR数据，哪些数据或者什么数据可以直接的用SPARKY软件来进行图谱的显示？

8 N: B1 N4 C# O8 _) M& ?: u

 

 BMRB 的格式是 star,可以将其转换为sparky的peak list 读进去