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NMR用于代谢组学研究用何种软件进行分析?

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发表于 2008-4-19 22:57:07 | 显示全部楼层 |阅读模式
请教:NMR用于代谢组学研究用何种软件对图谱进行分析?有做这方面工作的前辈吗?望指教,不胜感激!
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发表于 2008-4-22 09:42:11 | 显示全部楼层
amix
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发表于 2008-4-22 12:11:05 | 显示全部楼层
谱图都是用正常的谱图软件,主要的分析在于对谱图产生的数据进行PCA分析(用SIMCA软件),然后结合你的专业,是植物还是生物样本进行相关分析
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发表于 2008-4-22 12:12:17 | 显示全部楼层
现在关于代谢组学的相关文章太少了,希望有同学多出来发言
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发表于 2008-7-26 02:41:53 | 显示全部楼层
哈哈 我恰巧做这方面的工作,不知道你的具体问题出现在哪,是BINNING的过程没有软件, 还是在做模式识别出现了问题, 再或者是对于峰指认有困难?
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发表于 2008-7-26 03:01:06 | 显示全部楼层

AMIX是BRUKER多用于进行蛋白方面的结构分析的,其实相似的功能在ACCELRY的FEMLIX也可以做,MestC4.99也能做一部分功能, ACDLabs的软件也可以做,  但是由一个问题就是你所在的单位购买了吗,例如AMIX如果没有XWIN-NMR或者TOPSPIN的话是根本运行不下去的,而且版权在你发文章的时候将会成为最大的问题;ACDLabs的软件和AMIX拥有Intelligent Binnings这种强大的补充Binnings功能,这个可以参考我下面附带的附件文章。(我们的软件也有类似的功能,更精确)

& U! L$ ]8 g/ J

 

# m1 H# G: ?$ E ~2 Z! K

再有就是关于代谢组学的平台建立的问题,或者我们拥有一个商业化的软件,能够解决一部分遇到的问题。但是新的问题永远会存在,而且我们不能将科研做成工业生产,也就是说我们的研究要在一个探索,摸索的过程进行,而不是一成不变的有标准化的操作过程的方式,这样商业软件带给我们的问题就显而易见了。我们不知道他解决一个问题的方法(算法),我们也加入不了我们自己的想法,只能等待软件的更新,再去购买更新。

) n' f# ]$ h- T! E Y7 Y

 

2 Y! c5 B% h8 w" y- o. c

所以我就自己写了一个程序包,软件包能够实现的内容在下面的附件中也有说明,希望大家能够一起探讨。

. S- B, X! t* s9 y" g/ [4 _ W, x

 

. h. O" z9 O) p: _ r# C2 l2 n, W

当然我们也能够做NMR代谢组学样品的测样,但是我们还没有确定收费的具体事宜,不过如果有可能开放的话 我们将承接这类的科研,一起进行研究。



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 楼主| 发表于 2008-8-2 09:46:50 | 显示全部楼层
明阳,你好啊,看来你现在做得很专业了啊,我现在用液质采集了一些图谱,数据处理方面有点问题,不知道你自行研究的软件是只针对本实验室的Waters的仪器还是可以处理不同生产厂家的仪器所做的图谱,我做的图谱已经都转成CDF的格式了,不知是否可以处理
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发表于 2008-8-13 18:14:49 | 显示全部楼层

我也做代谢,新手,想请教下各位,用MESTREC不管怎么调相位都不能消除负峰,那该怎么办?积分时为负该怎么弄?我用的布鲁克的核磁600M的

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发表于 2008-9-5 22:11:32 | 显示全部楼层

我不知道你那是样品问题还是操作哦。我是仪器操作员,遇到这种情况是重新RGA,再采样,可以消除。不仿试试。

2 Z; A3 h. j* h
[此贴子已经被作者于2008-9-5 22:12:52编辑过]
1 `# N! Y% }+ d v" P$ a$ W }
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发表于 2008-9-9 14:52:22 | 显示全部楼层

首要选择肯定是AMIX,国内很难买到,MestRec软件能处理到用0.04ppm的积分段,自己用各种统计软件或编程归一化数据和滤噪处理,

/ Q" z& X T% h# y

然后就可以用SIMCA-P软件进行PCA,PLS分析了。

* d6 L3 m6 i' ?, B& _( x! |

现在文献已经很多了,ScienceDirect上输入metabonomic,很多的

$ `! U) \ o1 V

 

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